بالرغم من التشابه الشديد بين نظام ملفات لينكس وانظمة مايكروسوفت الا انه توجد بعض الاختلافات الأساسيه وهى :

1- فى انظمة مايكروسوفت وندوز ودوس حروف الاقراص drive letters ترمز الى وسائط تخزين مختلفه كما ترمز الى اجزاء الاقراص الموجوده مثل A للقرص المرن , اما النظام لينكس فيمثل كل اجهزة التخزين ويعاملها كملفات .
2- علامات تمثيل الفارس Slashes /تستخدم فى نظام لينكس لتمثيل أسماء الفهارس مثل /home/me/
اما فى انظمة مايكروسوفت فيتم استخدام ال Backslashes
مثل c:homeme
3- أسماء الملفات فى دائما لها امتدادات فى نظام ms-dos مثل me.txt او linux.doc أما فى انظمة لينكس فتفقد الامتدادات اهميتها وليس من الضروره كتابتها فقط تكمن فائدتها فى معرفة نوع الملفات.
4-كل ملف او فهرس فى لينكس له صلاحيات وصول معينه يمكن التحكم بها وتحديد مستوياتها بينما تنعدم هذه الميزه كليا فى انظمة ms-dos ووندوز القديمه لانها بدأت كانظمه سطح مكتبيه لمستخدم واحد Single user mode .